孙美琪疑案是孙美琪系列的主线剧情，玩家在孙美琪疑案里面扮演这次案件的责任刑警，通过对现场的勘察来寻找出有用的线索。孙美琪疑案里面有不同等级的线索，玩家需要依靠合理的判断来整合线索，把可能有关系的线索关联起来就能够得到全新的线索。孙美琪疑案的玩法虽然很简单，但是却很烧脑，因为线索之中并不是所有的都能联系起来的。